来到巴达维亚，郑芝龙几乎没有歇息的时间，除开不遗余力的抓紧时间给水师游击将军以上军官讲解朝廷确定的海外征伐、海上贸易的规矩之外，还要与主帅洪欣贵商议海上征伐的事宜，可以说是连轴转，就连洪欣贵都劝诫郑芝龙需要多多的歇息。
郑芝龙不遗余力的努力，效果还是非常明显的，郑家军有着非常好的传统，那就是坚决的执行上级的命令，令行禁止，郑芝龙给诸多军官讲解的相关的规矩，很快被一层一层的传达下去，在诸多的将士看来，这就是军纪军规，是坚决要遵守的，不能够违背的。
至于说海上作战的事宜，郑芝龙更是有着丰富的经验，这方面他甚至强于洪欣贵。
缜密的作战计划，就在这个时候慢慢的确定下来，一直到水师出发的时候，已经完全定型，洪欣贵对此很是满意。
大明水师此番出征的战船为两百艘，其中大型战船一百五十艘，其他战船五十艘。
不管是大小的战船，几乎都配备了红夷大炮和弗朗机。
经过多番改进的红夷大炮和弗朗机，其威力和以前完全不一样了，尽管说大明所拥有的红夷大炮和弗朗机都是从荷兰等地引进过来的，可在荷兰等地，没有谁特别重视红夷大炮以及弗朗机的优化，在这方面投入大量精力钱财和时间的，唯有大明。