第三，健全政府对民办学校进行监督和管理的相关制度。当前特别需要抓紧完善民办高等学校督导专员制度，明确督导的法律地位，清晰界定督导专员的权力，并完善督导方式；针对营利性和非营利性民办学校建立起不同的学校财务、会计和资产管理制度，切实保障非营利性民办学校的法人财产权，保障办学经费不被任何个人侵占、抽逃或挪用；加强对民办学校的评估和审计工作，切实建立起民办学校办学风险防范机制和信息公开制度，为扩大社会参与民办学校的管理与监督提供切实的制度依据和保障。通过一系列制度建设，解决政府机构对民办学校监管的“无法可依”和监管不力的问题。
第四，政府部门和相关官员应正确定位，在处理公办教育与民办教育的关系上保持公正和中立立场，以国家教育发展的利益为重，防止被某一方利益所绑架，积极履行政府管理职能，做到“不缺位、不越位”。