政治上的新派之所以对西方传教士抱有宽容、同情的态度，主要是因为其中许多人面对当时的社会政治危机，企图从传教士那里寻找新的富国强兵的思想武器。同时，他们又大多是科学家或技术家，对传教士夹带进来的科学技术有着很高的评价，爱屋及乌，因而对传教士表现出浓厚的兴趣。
与徐光启情况相类的还有李之藻。驱使李之藻出来为传教士辩护的，首先不是宗教信仰，而是对科学的热情：“秘义巧术，乃得之乎数万里外来宾之使……夫经纬淹通，代固不乏樵、玄，若吾儒在世善世所期无负霄壤，则实学更有自在。藻不敏，愿从君子砥焉。”[74]在李之藻的眼中，利玛窦首先是一位能“精及性命，博及象律舆地，旁及勾股算术，有中国累世发明未晰者”的科学通人，而不是传播上帝福音的传教士。与徐光启“会通以求超胜”的思想相类，李之藻主张“并蓄兼收”[75]，“藉异己之物，以激发本来之真性”，达到“终实相生”[76]，甚至是“以夷攻夷”的目的。[77]
至于那些带有异端思想倾向的儒士文人，如李贽、焦竑等，对于传教士采取同情态度的思想背景，则是在对正统封建主义秩序的伪善、压抑深感不满的情绪下，渴求新奇而富有刺激的思想，而他们对专制权威的藐视，以及其一直宗奉的儒、释、道“三教合一”思想，也必然使他们对待西方传教士抱着宽容乃至欣赏的态度。