桓玄又杀死了吴兴太守高素、将军竺谦之以及竺谦之的堂兄竺朗之、刘袭和刘袭的弟弟刘季武，这些人过去都是北府军的将领，是刘牢之的部将。刘袭的哥哥冀州刺史刘轨邀请司马休之、刘敬宣、高雅之等人讨伐桓玄，但屡次战败，刘轨、司马休之、刘敬宣等人投降了南燕，袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人投降了后秦。
桓玄派御史杜林到安城郡毒死了司马道子（年三十九）。
桓玄命堂兄桓脩以抚军将军的身份镇守丹徒，任命刘裕为抚军中兵参军。这时候，孙恩的妹夫卢循又带人来攻打东阳郡，刘裕率军迎击，卢循败退永嘉郡。
元兴三年（403）二月，朝廷任命桓玄为大司马。桓玄越发跋扈，又斩冀州刺史孙无终——孙无终也为刘牢之手下大将，北府军的昔日将领。荆州刺史桓伟去世，桓玄任命桓石康（桓温三弟桓豁的儿子）为荆州刺史。