桓玄又杀死了吴兴太守高素、将军竺谦之以及竺谦之的堂兄竺朗之、刘袭和刘袭的弟弟刘季武,这些人过去都是北府军的将领,是刘牢之的部将。刘袭的哥哥冀州刺史刘轨邀请司马休之、刘敬宣、高雅之等人讨伐桓玄,但屡次战败,刘轨、司马休之、刘敬宣等人投降了南燕,袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人投降了后秦。
桓玄派御史杜林到安城郡毒死了司马道子(年三十九)。
桓玄命堂兄桓脩以抚军将军的身份镇守丹徒,任命刘裕为抚军中兵参军。这时候,孙恩的妹夫卢循又带人来攻打东阳郡,刘裕率军迎击,卢循败退永嘉郡。
元兴三年(403)二月,朝廷任命桓玄为大司马。桓玄越发跋扈,又斩冀州刺史孙无终——孙无终也为刘牢之手下大将,北府军的昔日将领。荆州刺史桓伟去世,桓玄任命桓石康(桓温三弟桓豁的儿子)为荆州刺史。